学会の運営は年3回の運営委員会で討議され、学術集会時の理事会、評議員会、総会で決定される。役員の任期は3年であったが、法人化後は2年となり、理事長、副理事長は2期まで、それ以外は再任可能とした。委員会としては総務委員会、財務委員会、編集委員会、研究対策委員会、渉外広報委員会、将来計画委員会、行賞委員会、教育委員会、医療安全対策・倫理委員会を設け、2003年に保険対策委員会、2005年にFJCA委員会、2021年に循環器病対策委員会を追加した。日本冠疾患学会誌(Journal of Japanese Coronary Association)は1995年より発刊し、1999年より優秀掲載論文に学会賞を授与している。